Hacia fines del siglo XVIII los naturalistas encontraron evidencias que los llevaron a cuestionar tanto la literalidad del relato bíblico, como la noción de que las especies son inmutables. Era la época en que los europeos emprendían grandes viajes exploratorios al África, América y el Pacífico, y traían animales y vegetales desconocidos en Europa, pertenecientes a especies no mencionadas en la Biblia. Por otro lado, las numerosas excavaciones realizadas en busca de carbón, tan necesario en la primera revolución industrial que por entonces se desarrollaba, resultaron en el descubrimiento de innumerables fósiles de plantas y animales que, aparentemente, habían poblado otrora el continente europeo y eran también desconocidos. ¿Cuándo habían vivido esas criaturas?

Georges Cuvier, un anatomista francés, fue el primero en estudiar sistemáticamente los fósiles. Sugirió que son productos de los primeros experimentos de Dios en la creación. Una de las ideas populares de la época era que se trataba de organismos muertos con el Diluvio, pues no habían podido subir el arca de Noé. Pero Cuvier consideró improbable que murieran todos en forma simultánea y con ello abrió el camino a pensar que tal vez hubieran vivido en distintas épocas. En tal caso, los restos encontrados en diferentes capas o estratos habrían pertenecido a seres desaparecidos en sucesivas catástrofes, idea que pasó a llamarse catastrofismo.

El descubrimiento de los fósiles llevó también a pensar que la Tierra podía ser más antigua que lo que se suponía sobre la base del relato bíblico, que había llevado a asignarle una edad de 6000 años. En el siglo XVII se comenzó a explorar seriamente la superficie de la Tierra, lo que condujo a la conclusión de que el paisaje había sido erosionado a lo largo de los años por el viento y el agua. En 1788, un geólogo escocés llamado James Hutton sostuvo que la Tierra era eterna y que había sido moldeada por ciclos de levantamientos, erosión y sedimentación. Charles Lyell, considerado el padre de la geología moderna, completó esta teoría y sugirió que los cambios habían sido lentos y continuos, teoría que se llamó uniformismo.

Charles Lyell

Con estas sucesivas evidencias, se hacía cada vez más difícil conciliar las ideas aceptadas sobre historia natural, basadas en conceptos filosóficos y el relato bíblico, con la evidencia científica. Pero la ciencia no podía aportar explicaciones nuevas que fueran compatibles con los nuevas hipótesis.