En 1860, la polémica entre espontaneístas y sus contradictores se había hecho tan intensa que la Academia de Ciencias francesa ofreció un premio a quien pudiera resolver la controversia. Louis Pasteur, un microbiólogo y químico francés, lo ganó con una serie de experimentos tan bien diseñados que no permitían dudar de que la vida no surgía de la nada.

Pasteur utilizó recipientes con cuellos largos y curvos, en los que colocó un caldo que había hervido durante algunos minutos. Al retirarlo del fuego, el aire entraba por el cuello, pero los microbios quedaban atrapados en él, lo que impedía que contaminaran el líquido y permitía conservarlo estéril indefinidamente. Sólo cuando se rompía el cuello, aparecían organismos en el caldo. Con esto, Pasteur derribó definitivamente la teoría de la generación espontánea, pues demostró que los organismos sólo aparecían cuando había aire contaminado. También demostró que los procesos de fermentación se deben a la presencia de microorganismos que pueden eliminarse con calor (un proceso que hoy llamamos pasteurización). Y dedujo que, así como éstos producían la fermentación de la leche, la cerveza o el vino, los gérmenes eran la causa de numerosas enfermedades, las llamadas infecciosas. Otros siguieron ese camino, entre ellos, Robert Koch, un médico alemán, quien descubrió el origen infeccioso del cólera y la tuberculosis.

Pasteur utilizó frascos con cuello de cisne y observó que aparecían microorganismos sólo cuando se rompía el cuello de los frascos.

Esta historia de dos siglos, de fines del XVII a fines del XIX, y de Leeuwenhoek a Pasteur, llevó a la certeza actual de que los seres vivos provienen de otros seres vivos y no de la materia inanimada. La ciencia actual, sin embargo, no está en condiciones de explicar el origen primero de la vida. Ha encontrado una razonable explicación, de la que nos ocupamos en los otros apartados, sobre cómo los seres vivos actuales descienden de ancestros diversos, pero aún ignora el origen del primero o los primeros ancestros.