En la década de 1910, Thomas Hunt Morgan, un profesor de zoología de la Universidad de Columbia, realizó un conjunto de experimentos que fortalecieron la teoría de Boveri-Sutton acerca de la ubicación de los genes en los cromosomas. Trabajando con la mosca de la fruta, encontró que un gen preciso, ubicado en un cromosoma determinado, era responsable del color de ojos de esos insectos (es decir, que codificaba para el color de los ojos). Fue la primera vez que se hizo tal asociación entre un gen y un rasgo físico.

Morgan advirtió que, por lo general, las moscas de la fruta tienen ojos rojos, pero descubrió una mutante con ojos blancos. Esto le dio la posibilidad de replicar los experimentos de Mendel (ya que, en general, la mayoría de las mutaciones son recesivas).

Al cruzar machos mutantes (es decir, con ojos blancos) con hembras de ojos rojos o normales, obtuvo hembras y machos de ojos rojos. Toda la F1 tenía ojos rojos. Luego cruzó los hembras y machos de F1 y obtuvo machos y hembras con ojos rojos, pero todos las moscas de ojos blancos eran machos. Dicho de otro modo, la mitad de los machos de F2 tenía ojos blancos y la otra mitad ojos rojos, pero todas las hembras tenían ojos rojos. De allí Morgan concluyó que había un solo gen responsable del color de ojos en la mosca de la fruta y que el alelo ?ojos rojos? era dominante y debía estar en el cromosoma X, sin correspondencia en el Y.